Die ältesten Besiedlungsspuren in Alinda reichen bis in das 2. Jahrtausend v. Chr. zurück. Von den Hethitern wurde die Siedlung unter dem Namen 'Iyalanda' erwähnt. In den alten Texten des hethitischen Herrschers Mursilis II wird sie als stark befestigte Stadt beschrieben, die an einer strategischen Stelle eine wichtige Handelsstraße von Alabanda über Milet zur ägäischen Küste kontrollierte.
Im 5.Jh. v. Chr. war Alinda Mitglied im attisch-delischen Seebund, um sich in diesem Bündnis besser gegen die Angriffe der Perser wehren zu können.
Ab etwa 340 v. Chr. lebte und regierte die ehemalige Satrapin Ada von Halikarnassos hier. Sie war die Schwester des berühmten Satrapen Maussolos von Halikarnassos, das sie nach dessen Tod zunächst mit ihren Bruder und Ehemann Idrieus regierte. Als sie dann von ihrem jüngeren Bruder Pixodaros entmachtet wurde, siedelte sie nach Alinda über. Im Sommer 334 v. Chr. erreichte Alexander der Große auf seinem Karien-Feldzug die Stadt. Ada übergab ihm die Alinda kampflos und bot ihm sogar die Adoption an, durch die Alexander als Rechtsnachfolger in den Besitz von Alinda kam. Als Belohnung wurde Ada wieder als Herrscherin über ganz Karien eingesetzt. Zu dieser Zeit auch wurde die Stadt in 'Alexandria am Latmos' umbenannt aber etwa im 1. Jh. v. Chr. erhielt sie ihren alten Namen Alinda wieder zurück.
Vom 3.Jh. v. Chr. bis in das 3.Jh. n. Chr. hinein wurden von Alinda eigene Münzen geprägt und aufgrund ihrer Lage an einer wichtigen Handelsstraße war sie über lange Zeit hinweg ein wichtiges Handelszentrum.
Ab dem 4.Jh. n. Chr. ist Alinda als Bischofssitz bekannt, der von Aphrodisias aus kontrolliert wurde. In weiterer byzantinischer Zeit verliert Alinda allerdings immer weiter an Bedeutung, sodass auch immer weniger Informationen über den Ort verfügbar sind. In ottomanischer Zeit verlagert sich das Stadtzentrum an den südöstlichen Fuß des Akropolishügels. Dabei wurden einige römischen Siedlungsreste überbaut und der heute Ort Karpuzlu entstand.
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